Kako odabrati odgovarajuće temeljne temelje za testavu medicinskog pcr za životinje?

Kao pouzdan davatelja uslugaAnimalni medicinski PCR test, Razumijem kritičnu ulogu koju temeljini temeljni temelji u toku i efikasnosti analize polimeraze (PCR) testa u polju životinjske medicine. PCR je moćna tehnika široko korištena uTestiranje laboratorija za životinjeZa razne svrhe, poput otkrivanja patogena, genetske analize i dijagnoze bolesti. Odabir odgovarajućih temeljnih premalo temeljni je korak koji može značajno utjecati na uspjeh PCR testa. U ovom blogu podijelit ću nekoliko ključnih razmatranja i smjernica koje će vam pomoći da odaberete prave temeljne temeljne potrebe za mjerenim PCR-om.

Razumijevanje osnova temeljnih premalo

Prajmeri su kratki, pojedinačni - nasuđeni DNK sekvenci koji su komplementarni za određene regije ciljanog DNK. Bitni su za pokretanje PCR procesa pružanjem polazište za DNK polimeraze za sintezaciju novih DNK nagrada. U testaju za životinjsku medicinu, temeljni premazi moraju biti pažljivo dizajnirani da se posebno vežu za ciljni DNK niz, što bi moglo biti gen iz patogena ili genetskih marketa.

Specifičnost

Jedna od najvažnijih karakteristika dobrog temeljnog temelja je njegova specifičnost. Specifični temeljni premazi bit će se povezati samo na ciljni slijed DNK, a ne na ne-ciljne sekvence. U medicinskom ljubimcu za životinje, gdje se možete baviti složenim biološkim uzorcima koji sadrže mješavinu DNK iz različitih izvora, ne - određeno vezivanje može dovesti do lažnih rezultata. Na primjer, ako testirate za određeni virus u uzorku životinja, ne - određeni temeljni premazi mogu se vezati za slične sekvence u DNK-u domaćinu ili drugim kontaminantima, što rezultira netačnim dijagnozama.

Da bi se osigurala specifičnost, ključno je za dizajn prajmera koji imaju jedinstven niz u ciljanom genom. Alati Bioinformatika mogu se koristiti za pretraživanje cijelog genimena ciljanog organizma i bilo kojeg potencijalnog ne-ciljnog organizma za provjeru mogućih križanja - reaktivnost. Ovi alati mogu identificirati regije ciljne DNK koji se razlikuju od ostalih poznatih DNK sekvenci, omogućavajući vam dizajniranje visoko specifičnih prajmera.

Osjetljivost

Osjetljivost je još jedan ključni faktor. Osjetljivi prajmeri mogu otkriti niske nivoe ciljanog DNK u uzorku. U životinjskoj medicini, ovo je posebno važno kada se bavi ranim infekcijama ili kada je opterećenje patogena nisko. Primer sa visokom osjetljivošću može povećati vjerojatnost otkrivanja ciljne DNK čak i u uzorcima s malim brojem ciljnih kopija.

Temperatura topljenja (TM) temeljnih pripravnika važan je parametar koji utječe na osjetljivost. TM je temperatura na kojoj se pola temeljnog premaza - ciljaju DNK dupleksi denaturiraju. Prajmeri sa sličnim TM vrijednostima (obično unutar 2 - 5 ° C jedan od drugog) Osigurajte efikasnu i jednoličnu žarulju tokom PCR procesa, koji zauzvrat povećava osjetljivost testa. Dužina prajmera također igra ulogu u osjetljivosti. Općenito, prajmeri između 18 - 24 nukleotida u dužinu su optimalni, jer pružaju dobru ravnotežu između specifičnosti i osjetljivosti.

Razmatranja dizajna temeljnog premaza za različite aplikacije

Otkrivanje patogena

Prilikom dizajniranja prajmera za otkrivanje patogena u uzorcima životinja važno je ciljati sačuvane regije genoma patogena. Očuvane regije su sekvence koji se ne mijenjaju mnogo s vremenom i često su među različitim sojevima patogena. Na primjer, u slučaju otkrivanja bakterija, ciljanje sačuvanih regija 16-ih RRNA gena može biti dobar pristup kao što je ovaj gen prisutan u svim bakterijama i ima i konzervirane i promjenjive regije.

Pored toga, ako patogen ima različite varijante ili podtipove, možda će biti potrebno dizajnirati degenerirane prajmere. Degenerirani temeljini temelji su mješavina prajmera koji imaju mali broj promjenjivih položaja u svom nizu. Ovi prajmeri mogu prepoznati više varijanti ciljanog sekvence, omogućavajući otkrivanje različitih sojeva patogena u jednom PCR testu.

Genetska analiza

Za genetsku analizu kod životinja, poput testiranja genetskih poremećaja ili pasmina - specifični markeri, temeljni premazi trebaju biti dizajnirani tako da ciljaju specifični genetski lokus interesa. To može uključivati ​​dizajnerski temeljni temeljni temelj koji boju specifičnog egzona ili uvoda u genu. U nekim će slučajevima možda trebati dizajnirati temeljne premalo koji mogu pojačati regije mikrosatelita, što su kratki tandem ponavljani koji su visoko polimorfni i mogu se koristiti za genetsko mapiranje i individualnu identifikaciju.

Procjena kvaliteta temeljnog premaza

Kompatibilnost sa primer par

Bitno je procijeniti kompatibilnost temeljnih parova. Dimer temeljnika su čest problem u PCR-u. Disers temeljnika formiraju se kada se temeljni premalo zabrane jedni drugima umjesto ciljne DNK, što rezultira pojačanjem ne-specifičnih proizvoda. Da biste izbjegli dimere temeljnika, temeljni premazi trebaju biti dizajnirani tako da imaju minimalnu komplementarnost na njihovim 3 'krajevima. Možete koristiti softverski alat za provjeru potencijalnog temeljnog premaza - dimer formiranje prije sintetizacije prajmera.

Sekundarne strukture

Prajmeri mogu formirati sekundarne strukture, poput frizure ili samoukupnih petlje, koje mogu ometati PCR proces. Frizeri su intramolekularne baze - uparene strukture unutar temeljnog premaza, a ja se javljaju žarki se pojavljuju kada se temeljni temelj veže za sebe. Ove sekundarne strukture mogu spriječiti da se temeljni temelji obvezuju na ciljnu DNK i smanjite efikasnost PCR reakcije. Bioinformatički alati mogu predvidjeti formiranje takvih sekundarnih struktura, a prajmeri se mogu redizajnirati kako bi ih izbjegli.

Izvori temeljara

Kao pouzdanAnimalni medicinski PCR testDobavljač, nudimo visokokvalitetne temeljne temeljice dizajnirane posebno za različite medicinske aplikacije za životinje. Naši temelji su sintetizirani koristeći napredne tehnologije i strogo su testirani na specifičnosti, osjetljivost i kvalitetu. Imamo tima stručnjaka koji vam mogu pomoći u odabiru najprikladnijih prajma za vaše specifične potrebe. Da li provodite istraživanje u anTestiranje laboratorija za životinjeObjekt ili obavljanje dijagnostičkih testova u veterinarskoj klinici, naši temelji mogu pružiti tačne i pouzdane rezultate.

Zaključak

Odabir odgovarajućih prajtera za medicinsku testavu medicinskih životinja složen je, ali suštinski proces. Razmatrajući faktore kao što su specifičnost, osjetljivost i temeljni dizajn za specifične aplikacije, možete odabrati temeljne premalo koji će pružiti precizne i pouzdane rezultate. U našoj kompaniji posvećeni smo pružanju visokokvalitetnih prajma i sveobuhvatne podrške za sve vaše medicinske PCR potrebe. Ako ste zainteresirani za kupovinu prajmera za svojeTestiranje laboratorija za životinjeIli druge medicinske aplikacije za životinje, kontaktirajte nas kako bismo razgovarali o vašim potrebama i pokrenuto plodno poslovno partnerstvo.

Reference

1. Dieffenbach, CW, & Dveksler, GS (1995). PCR PRIMER: Laboratorijski priručnik. Hladna proljetna luka laboratorija.
2. Kwok, S., & Higuchi, R. (1989). Izbjegavanje lažnih pozitivnih pozicija sa PCR-om. Priroda, 339 (6221), 237 - 238.
3. Sambrook, J. i Russell, DW (2001). Molekularno kloniranje: laboratorijski priručnik. Hladna proljetna luka laboratorija.